Het EMM is opgericht in 2005. In 2018 heeft een vergaande doorontwikkeling tot een nieuwe governance en taakstelling geleid.
Het EMM is in 2005 opgericht vanuit de behoefte aan centralisatie van informatie, kennis en expertise op de thema’s mensenhandel en mensensmokkel. In 2018 hebben de partnerorganisaties besloten tot een doorontwikkeling en is het operationele accent van de taakstelling verbreed naar een operationele, tactische en strategische rol ten behoeve van een integrale bestrijdingsstrategie. De samenwerkingsafspraken hebben tot een nieuwe governancestructuur geleid en in 2021 tot een nieuw EMM-convenant.